为临床科学用药和成功的感染控制提供依据，是正确、合理使用抗菌药物，延缓细菌耐药，减少抗医院感染的第一步，也是最重要的一步。为此应正确采集各种细菌学标本。
泌尿道
跟据卫生部《医学感染诊断标准》（试行）通知，泌尿系统临床诊断为：患者出现尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，或有下腹触痛、肾区叩痛、伴或不伴发热，并具有下列情况之一：
（1）尿检白细胞男性≥5个/高倍视野，女性≥10个/高倍视野，插导尿管患者应结合尿培养；
（2）临床已诊断为泌尿道感染，或抗菌治疗有效而认定的泌尿道感染。
1、中段尿
采集方法：
①女性采样前用肥皂水或0.1%的高锰酸钾溶液冲洗外阴，用手指江阴唇分开排尿，弃其前段尿，不终止排尿，留取中段尿10ml于灭菌容器内。
②男性用肥皂水清洗尿道口，或0.1%的碘伏溶液消毒尿道口，灭菌纱布擦干，上翻包皮，弃其前段尿，不终止排尿，留取中段尿10ml于灭菌容器内。
2、膀胱穿刺采集法
避免污染是很困难的，培养结果与病情不符时，或尿厌氧菌培养，或婴幼儿中段尿采集困难时，可以用耻骨上穿刺膀胱内采尿。
3、留置导尿者采集法拔去闭式引流的集尿袋，弃去导尿管前段尿液，留无污染的膀胱内尿液10ml送检。不可从集尿袋下端留取标本。
脑脊液
采集方法：
由临床医师以无菌方法收集脑脊液3-5ml（细菌1ml，真菌2ml抗酸杆菌2ml，病毒1ml）盛于无菌试管或小瓶中立即送检。
胆汁
1、十二指肠引流法在无菌操作下，将十二指肠导管吞咽至十二指肠乳头部（距齿65-70cm）时，收集A液（来自总胆管，为橙黄或金黄色），随之注入25%硫酸镁溶液40ml，经1-2min后再采取B液（来自胆囊，为棕黄绿色），随后收取C液（来自肝胆管，为柠檬色），一般认为B液做细菌培养意义较大。
2、胆囊穿刺法胆囊造影术时，可同时采取胆汁。
3、手术采取法由总胆管、胆囊直接穿刺采取胆汁。
以上采集之标本应立即送检，否则置于4℃冰箱内，采集时需小心，避免被唾液、十二指肠液细菌污染。
脓汁及病灶分泌物
1、伤口
表面伤口拭子采集方法：
①仅限于皮肤与皮下组织，包括手术切口、褥疮溃疡、新生儿脐炎、婴儿脓疮病。
②用无菌生理盐水或75%的酒精擦去病灶表面渗液；
③用无菌棉拭子抹去及较深部的脓汁分泌物或组织送检；
④采集褥疮溃疡标本时应采集褥疮边缘的脓性分泌物，拭子放在运送培养基中立即送检，不要采集创口表面的渗液。
2、厌氧伤口拭子
⑴厌氧专用棉棒或玻璃棒触及深部脓汁；
⑵可用注射器抽吸，排去针管内空气将针头插入灭菌橡胶塞内送检；
⑶立即送检，送检过程中必须保持在无氧条件；
⑷不宜做厌氧菌培养的有痰、喉拭子、鼻咽拭子、齿龈拭子、直肠、阴道和宫颈拭子以及回肠、结肠造瘘术的流出物，胃、小肠及大肠内容物等。
3、尿道口分泌物拭子
⑴男性用无菌纱布擦拭和清洗尿道口，然后采取从尿道口溢出的脓性分泌物；
⑵采集前列腺液时，先将尿道、膀胱冲洗，然后从肛门用手指按摩前列腺，促使前列腺液溢出；
⑶女性病人先用灭菌纱布或棉拭子仔细擦拭或清洗尿道口，然后从阴道内诊压迫尿道，使分泌物溢出；
⑷取子宫颈分泌物，先用内窥镜扩张阴道，然后从宫颈口用灭菌棉拭子采取分泌物，尽量避免被阴道宫颈附近正常菌群的污染。
4、蜂窝织炎
⑴用无菌生理盐水或酒精消毒皮肤；
⑵用细针在炎症最显著处穿刺吸引；
⑶抽少量灭菌生理盐水在针管内；
⑷注入无菌试管内送检。
5、组织标本
⑴活体组织采取的微量标本，可直接接种在培养基内；
⑵表浅组织可直接用棉拭子擦拭、小刀刮去；
⑶较大组织块的表面可采用烧灼或浸入沸水中5-10s，然后用灭菌剪刀切开，取其中的脓汁；
⑷深部组织标本可经皮肤穿刺或手术切取送检；
⑸组织标本不可用福尔马林固定；
⑹有时也可将沾有脓汁的最内层敷料放入无菌平皿内送检。
眼标本采集
⑴一般细菌，以无菌棉拭子采集眼分泌物，尤其脓性分泌物；
⑵沙眼衣原体，首先擦去眼结膜上面的分泌物，然后用无菌小刀刮取穹窿部及眼结膜上皮细胞，用链霉素处理后备用；
⑶对于刚治疗或药物冲洗过的患者最好12-24h后采集标本；
⑷对于泪囊炎患者可稍加挤压后以无菌棉拭子采集标本。
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