医院内镜中心是泉州地区设备最先进最齐全、内镜诊疗人数最多、开展诊疗项目最多最全的内镜诊疗中心。该中心配备世界上最先进日本奥林巴斯、系列主机和电子内镜，超声内镜、氩等离子体凝固治疗仪等消化道诊疗设备、进口麻醉设备等麻醉设备。配备了泉州地区洗消最严格的肯格尔标准流程的内镜清洗消毒室。
内镜室现有专业人员23人，其中高级职称4人，主治医师3人，硕士研究生6人。科室长期开展多种形式学术交流活动，邀请日本专家、国内省内专家来院指导，引入世界一流的诊疗技术。
该科开展的诊疗项目如下：
内镜下止血术：适用于各种疾病（如溃疡、血管畸形等）引起的消化道出血，肝硬化食管胃底静脉曲张大出血。
内镜粘膜下剥离术（ESD）：主要应用于消化道癌前病变与早期癌的内镜下治疗。在ESD基础上延伸出经隧道内镜食管粘膜下肿物挖除术（STER）、消化道粘膜下肿物挖除术（ESE）、内镜全层切除术（EFR）、贲门失驰缓症的经口内镜肌切开术（POEM），该院是目前泉州地区唯一独立开展ESD、POEM的医院。
电子超声内镜检查术（EUS）、色素内镜、放大内镜早癌诊断：是泉州地区最医院。
内镜下胰胆管逆行造影术（ERCP）：内镜下通过十二指肠乳头注入X光造影剂，使胆总管、胆囊等在X光下显影，开展胆胰疾病的微创治疗。
经皮内镜胃造瘘术（PEG）：是一种在胃镜介导下经上腹部皮穿刺进入胃腔，行胃置管造瘘，重建营养通道的手术；
支架置入术：包括食管支架置入术、胰胆管支架置入术和肠道支架置入术，我院开展的肠道支架置入术的病例数位于全省前列。
内镜下扩张术：多采用探条扩张法和气囊扩张法。
内镜异物取出术：消化道异物包括成人婴儿吞入的异物，食管狭窄的病人正常的食物块嵌顿，内镜下取出。
无痛内镜：该院无痛内镜开展突破1万多例，普通内镜突破3万多例，为泉州地区最多，全省居前列。
另该科还开展经内镜鼻胃及空肠营养管置入术、胃石碎石术、染色内镜检查、恶性肿瘤的TNM分期判断(超声内镜)（包括给予外科术中支持）等诊疗项目。科室在泉州地区率先开展EUS、ERCP和ESD等“3E”新技术代表消化内镜新技术的三个发展方向，每年例数分别超过例，其中近几年开展的ESD、POEM、STER、EFR、ESE、困难ERCP已经达到国内先进水平。
科室名片东街院区：门诊部4楼，电话
城东院区：门诊部4号厅，电话
陈相波门诊时间；城东院区周三上午
黄子成门诊：东街院区周三下午，城东院区周一上午、周三上午
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